Асноўнымі задачамі ўпраўлення РХБ абароны і экалогіі з'яўляюцца:
- арганізацыя і ажыццяўленне бесперапыннага кіравання войскамі РХБ абароны;
- планаванне прымянення войск РХБ абароны;
- кіраўніцтва падрыхтоўкай войск РХБ абароны да выканання задач па прызначэнні;
- падтрыманне пастаяннай гатоўнасці ўпраўлення РХБ абароны і экалогіі Генеральнага штаба Узброеных Сіл і падпарадкаваных вайсковых часцей на ўзроўні, які забяспечвае выкананне задач па прызначэнні;
- арганізацыя і правядзенне мерапрыемстваў па падрыхтоўцы воінскіх часцей войск РХБ абароны;
- арганізацыя выканання мерапрыемстваў падрыхтоўкі войск па РХБ абароне і кантроль якасці яе правядзення;
- ажыццяўленне навуковай дзейнасці ў галіне РХБ абароны;
- забеспячэнне радыяцыйнай бяспекі і кантролю ў галіне аховы навакольнага асяроддзя ва Узброеных Сілах;
- падрыхтоўка праектаў прававых актаў Міністэрства абароны, якія рэгламентуюць пытанні РХБ абароны, экалогіі і радыяцыйнай бяспекі;
- ажыццяўленне ўзаемадзеяння з органамі дзяржаўнага і ваеннага кіравання іншымі вайсковымі фарміраваннямі па пытаннях РХБ абароны;
- удзел у мерапрыемствах па міжнародным ваенным і ваенна-тэхнічным супрацоўніцтве па пытаннях РХБ абароны і аховы навакольнага асяроддзя;
- арганізацыя забеспячэння Узброеных Сіл і тэрытарыяльных войск узбраеннем і сродкамі РХБ абароны, кантролю за іх эксплуатацыяй і падтрыманнем у пастаяннай гатоўнасці да прымянення па прызначэнні.