Официальной датой образования войск радиационной, химической и биологической защиты считается 13 ноября 1918 года, когда приказом Революционного Военного Совета республики № 220 были образованы первые органы и подразделения химической защиты в действующей Красной Армии. Химические войска, в последствии переименованные в войска радиационной, химической и биологической защиты, с достоинством и честью выполняли стоящие перед ними задачи в годы Гражданской и Великой Отечественной войн. За образцовое выполнение заданий командования в годы Великой Отечественной войны боевыми орденами было награждено 20 отдельных частей фугасных огнеметов, 12 отдельных батальонов и 10 отдельных рот ранцевых огнеметов, а 40 огнеметных частей получили почетные наименования. Правительственных наград были удостоены свыше 70 % офицеров и генералов, более половины рядового и сержантского состава химических войск. Двадцати двум наиболее отважным воинам присвоено звание Героя Советского Союза.

Около десяти лет в составе ограниченного контингента советских войск сражались воины- химики на земле Афганистана, где эффективными оказались такие задачи химического обеспечения, как применение огнеметно-зажигательных средств и аэрозолей. Многие представители химических войск – участники войны награждены боевыми орденами и медалями.

В ходе ликвидации последствий Чернобыльской катастрофы, учитывая профессиональную подготовку и техническую оснащенность химических войск, на них были возложены наиболее ответственные, опасные и трудные работы. Большой вклад химических войск в дело ликвидации последствий аварии высоко оценен правительством. За мужество и самоотверженный труд многие генералы, офицеры, прапорщики, сержанты и солдаты удостоены высоких правительственных наград.

Отдел химических войск создан 1 июня 1992 года на базе расформированного управления Белорусского военного округа и включен в состав Главного штаба Вооруженных Сил.

21 декабря 2001 года в связи с созданием Генерального штаба Вооруженных Сил Республики Беларусь отдел химических войск Главного штаба Вооруженных Сил был переформирован и включен в его состав как управление РХБ защиты и экологии Генерального штаба Вооруженных Сил. Переименование стало объективной необходимостью, вызванной изменением как объема выполняемых задач, так и количественным и качественным составом войск.